Для бонсаев используют специальные контейнеры. Прежде всего они неглубокие; только для растений в каскадном стиле применяют глубокие горшки. Контейнер может быть глиняным или керамическим, для садовых бонсаев используют только морозостойкую керамику. Площадь дренажных отверстий в контейнерах должна быть по меньшей мере в два раза больше, чем в обычных цветочных горшках. Снаружи контейнер может быть глазурованным или неглазурованным, но внутри он обязательно должен быть неглазурованным. Обычно рекомендуют использовать горшки неярких оттенков коричневого, зеленого, серого или синего цвета. Чтобы обеспечить сток воды, контейнеры делают на ножках.